上海同济大学 生命科学与技术学院 曹志伟（教授）导师简介

姓        名：曹志伟

行政职务：副院长

学         位：博士

导师情况：博士生导师

研究领域：生物信息学，计算生物学

研究方向：中药信息学，抗体信息学，功能基因组学

联系电话：65980296    54065003

通讯地址：上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）

个人简介：

      曹志伟，女，中共党员，博士，同济大学生命科学与技术学院教授，兼上海生物信息技术研究中心功能基因课题组组长.上海市生物信息学会理事，中国青年科协会 员. 目前已承担了科研项目共 13项，包括国家“973”项目2项，863 项目3项，自然基金项目2项，以及上海市科委重大项目和上海市教委项目等。先后获得2004年度上海市科委科技启明星计划, 2006年浦江人才项目，与 2007上海市教委曙光计划项目资助.获得2007年上海市新长征突击手表彰, 2008年教育部新世纪优秀人才。

    到目前共建成生物大分子模拟软件2个，中药机理特色数据库3个，已发表了Pharmacological Reviews (IF>22.8), PNAS（IF>10），Molecular Cell Proteomics (IF>9.9 ), Nucleic acids research (IF>7.5),Clinical Pharmacology & Therapeutics (IF>7.5），Drug Discovery Today(IF>7.1)， BMC bioinformatics(IF>4.9) 等SCI论文36篇，其中第一和通讯作者16篇.

    成员（包括研究生）：教师3名，博士生4名，硕士生5名。

开设教学课程：

    信息学概论，计算机辅助药物设计，基因组信息学，免疫信息学 (研究生)

目前进行课题：

973： 基于生物信息学的抗原抗体分子识别与系统模拟
科技部新药创制：病毒性肝炎证候生物学基础研究平台的建立
科技部攻关计划：人肝脏蛋白质组生物信息学研究
教育部新世纪创新人才项目
5） 上海市教委: 科研创新项目与曙光学者项目

已完成课题：

973：抗体结构功能的生物信息学研究
863：中药作用机理的生物信息学分析策略与相应系统构建
863：人肝脏蛋白质组生物信息学研究
4自然基金面上： IgG抗体成熟模式的生物信息学研究

主要研究方向包括中药/植药信息学，免疫信息学， 和微生物功能基因组学等:

    在中药/植药信息学方 面，率先把计算机辅助药物设计方法引入中药分子机理研究，先后建成了系列独特的数据库（中药成分及含量数据库、中药活性成分已知靶点蛋白数据库，中药分子 体内代谢数据库，药理分子有效剂量数据库和蛋白和疾病关系数据库等），利用计算生物学模拟配对，改进研制了一整套基于网络生物学的“多成分、多靶点”的中 药机理预测模拟系统，自2004年起上海市科委对此方向做了重大项目支持, 2006年获得了863项目资助. 文章发表于 Molecular Cell Proteomics.

    在免疫信息学方面围绕分子免疫的关键问题进行, 建立了相应的抗体抗原计算平台，并提供网上免费服务. 其中蛋白抗原空间表位预测方法SEPPA （ http://lifecenter.sgst.cn/seppa/ ）的预测精度在国际同类工具中名列前茅，被收录到全球网络计算资源专刊,自2009年7月上线到现在已经获得了2600多次访问量。2009上半年甲流突 然爆发，在当时拿不到任何病毒株的情况下，她们利用自主开发的免疫信息学工具对HA抗原蛋白表位进行了预测分析，相应成果给实验室验证做提示,节约了大量 的时间成本。这方面工作陆续发表在本专业著名的国际杂志上如《Drug discovery today》、《Nucleic Acid Research》等.这个方向得到了973项目和国家自然基金面上项目的持续支持。

    在完成的上海市项目中，从比较致病性不同的细菌菌株（表皮葡萄球菌）的基因组出发，摸索建立了一套比较基因组学流程，包括横向基因转移，突变热点分析，致病途径，致病因子和基因岛预测，到潜在药靶找寻等。基于生物信息圈定的潜在药靶初筛出来的药物，实验已证实它们能 有效抑制细菌生长，从而为这个重要的医院感染致病菌的治疗提供了新的药物设计方向,由此支撑复旦大学卫生部医学分子病毒学实验室获得教育部自然科学一等奖 (2006). 除此之外，这套流程已广泛应用于猪链球菌，链霉菌，乳酸菌，禽流感上等微生物分析上，为中国的微生物研究，特别是突发性致病微生物的基因组研究打下了坚实 的人才和技术基础。另外为欧洲分子生物学试验室（EMBL）的正常酵母株和艾滋病人身上分离的致病酵母株进行了全方位比较基因组分析，文章发表于 PNAS。

近年代表文章：

1. Z.W. Cao, Y. Xue, L.Y. Han, B. Xie, H. Zhou, C.J. Zheng, H.H. Lin and Y. Z. Chen, MoViES: Molecular Vibrations Evaluation Server for Analysis of Fluctuational Dynamics of Proteins and Nucleic Acids.  Nucleic Acids Research. 32,W679-W685. (2004)。

2. Z. W. Cao, L. Y. Han, C. J. Zheng, Z. L. Ji, X. Chen, H. H. Lin and Y. Z. Chen Computer prediction of drug resistance mutations in proteins. Drug Discovery Today 2005:10(7):521-529

3. J. F. Wang, H. Zhou, L. Y. Han,  X. Chen,  Y. Z. Chen, and Z.W. Cao TCM-ID: Traditional Chinese Medicine information database. Clinical Pharmacology and Therapeutics. 2005 78(1):92-93。

4. C.J. Zheng, L.Y. Han, C. W. Yap, Z. L. Ji, Z. W. Cao and Y. Z. Chen. Therapeutic Targets: Progress of Their Exploration and Investigation of Their Characteristics. Pharmacological Reviews 58:259-279(2006).

5. Wei W, Cao ZW, Zhu YL, Wang X, Ding G, Xu H, Jia P, Qu D, Danchin A, Li Y. Conserved genes in a path from commensalism to pathogenicity: comparative phylogenetic profiles of Staphylococcus epidermidis RP62A and ATCC12228.   BMC Genomics. 2006 May 10;7:112. （ Co-First Author）

6. Zhao J, Yu H, Luo JH, Cao ZW, Li YX.  Hierarchical modularity of nested bow-ties in metabolic networks.  BMC Bioinformatics. 2006 Aug 18;7:386. (Co-corresponding author）

7. Serene AK Ong, Hong Huang Lin, Yu Zong Chen, Ze Rong Li and ZhiWei Cao  Efficacy of different protein descriptors in predicting protein functional families， BMC Bioinformatics 2007，8:300.

8. Jing Zhao, Guo-Hui Ding, Lin Tao, Hong Yu, Zhong-Hao Yu, Jian-Hua Luo, ZW Cao and Yi-Xue Li, （Co-corresponding author） Modular co-evolution of metabolic networks.  BMC Bioinformatics 2007，8:311.

9. Qing-Xi Yue, Zhi-Wei Cao, Shu-Hong Guan, Lin Tao, Wan-Ying Wu, Yi-Xue Li, Xuan Liu, De-An Guo,  Proteomic characterization of the cytotoxic mechanism of ganoderic acid D and computer automated estimation of the possible drug-target network,  Molecular Cell Proteomics,  2008, Vol 7 No 5, 949-961Dec 31 (Co-First Author)

10. Xiaojing Wang, Di Wu, Siyuan Zheng, Jing Sun, Lin Tao, Y.X. Li, Z.W. Cao,  Ab-origin: An enhanced tool to identify the sourcing gene segments in germline for rearranged antibodies, BMC Bioinformatics2008, 9(Suppl 12):S20

11. J. Jia, F. Zhu, X.H. Ma, Z.W. Cao, Y.X. Li and Y.Z. Chen, Mechanisms of drug combinations from interaction and network perspectives. Nat. Rev. Drug Discov.,2009 Feb;8(2):111-28. 

12. Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX, Cao ZW. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens. Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37(Web Server issue):W612-6. Epub 2009 May 22

13. Wu Di, Xu TianLei, Sun Jing, … Li YiXue & Cao ZhiWei, Structure modeling and spatial epitope analysis for HA protein of the novel H1N1 influenza virus Chinese Sci Bull, 2009, 54, 2171-2173 (cover paper)

14. Zhao Jing; .. He Fuchu,  Li Yixue & Cao Zhiwei, Reconstruction and analysis of human liver-specific metabolic network based on CNHLPP data  Journal of Proteome Research, (2010 accepted)