上海同济大学 生命科学与技术学院 张勇（教授）导师简介

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通讯地址：上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）

个人简介：

     2001年毕业于北京大学，获学士学位。2006年毕业于中国科学院生物物理研究所，获得博士学位，师从陈润生院士；在攻读博士期间，主要从事非编码 RNA和生物网络领域的生物信息学研究。2006-2009年，在美国哈佛大学和Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究；在博士后期间，主要针 对新一代高通量测序技术，发展生物信息学方法，来解决表观遗传组学问题。2009年起受聘为同济大学教授。目前作为课题负责人承担973课题一项， 获得2010年度上海市科委科技启明星计划。研究领域为生物信息学和计算表观遗传组学，研究方向主要为通过发展生物信息学方法来分析高通量生物学数据，进 而在基因组尺度上研究表观遗传修饰、转录因子结合及其对基因表达的调控作用，共在国内外学术期刊上发表论文二十余篇，其中在Nature, Nature Structural & Molecular Biology, Genome Biology, BMC Genomics, Bioinformatics, BMC Bioinformatics等期刊发表第一/并列第一作者论文8篇。

实验室主页 http://web.tongji.edu.cn/~zhanglab/

代表性论文（按年份降序排列）

1.Vastenhouw NL*, Zhang Y*(co-first author), Woods IG, Imam F, Regev A, X. Liu XS, Rinn J, SchierA. Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during zygotic genome activation. Nature (accepted).

2.   Hirsch HA, Iliopoulos D, Joshi A, Zhang Y, Jaeger SA, Bulyk M, Liu XS, Struhl K. A transcriptional signature and common gene networks link cancer with lipid metabolism and diverse human diseases. Cancer Cell (accepted).

3.   He HH, Meyer CA, Shin H, Bailey S, Wei G, Wang Q, Zhang Y, Xu K, Ni M, Lupien M, Mieczkowski P, Leib JD, Zhao K, Brown M, Liu XS. Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers. Nat Genet 2010; 10.1038/ng.545.

4.   Zhang Y, Moqtaderi Z, Rattner B, Euskirchen G, Snyder M, Kadonaga JT, Liu XS, Struhl K. Intrinsic histone-DNA interactions are not the major determinant of nucleosome positions in vivo. NatStructMolBiol 2009; 16(8):847-52. Faculty of 1000 Biology “Must Read”

5.   Wang Q, Li W, Zhang Y, Yuan X, Xu K, Yu J, Chen Z, Beroukhim R, Wang H, Lupien M, Wu T, Regan MM, Meyer CA, Carroll JS, Manrai AK, Janne OA, Balk SP, Mehra R, Han B, Chinnaiyan AM, Rubin MA, True L, Fiorentino M, Fiore C, Loda M, Kantoff PW, Liu XS, Brown M. Androgen Receptor Regulates a Distinct Transcription Program in Androgen-Independent Prostate Cancer.Cell 2009;128:245-56. Faculty of 1000 Biology “Must Read”; “Research Highlight” in Nature Reviews Cancer

6.   Zhang Y, Liu T, Meyer CA, Eeckhoute J, Johnson DJ, Myers RM, Bernstein BE, Nussbaum C, Brown M, Li W, Liu XS. Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). GenomeBiol 2008;9:R137. BioMed Central Highly Accessed

7.   Zhang Y, Shin H, Song JS, Lei Y, Liu XS. Identifying positioned nucleosomes with epigenetic marks in human from ChIP-Seq. BMC Genomics 2008;9:537. BioMed Central Highly Accessed

8.   Lefterova M, Zhang Y, Steger DJ, Schupp M, Schug J, Cristancho A, Feng D, Zhuo D, Stoeckert CJ, Liu XS, Lazar MA. PPARgamma  and C/EBP factors orchestrate adipocyte biology via adjacent binding on a genome-wide scale. Genes Dev 2008, 22: 2941-2952. Faculty of 1000 Biology “Recommended”

9.   Lupien M, Eeckhoute J, Meyer , , , CA, Wang Q, Zhang Y, Li W, Carroll JS, Liu XS, Brown M. FoxA1 translates epigenetic signatures into enhancer driven lineage-specific transcription. Cell 2008, 132(6):958-970. Faculty of 1000 Biology “Recommended”; “Research Highlight” in Nature Reviews Genetics

10.   Zhang Y, Li S, Skogerbo G, Zhang Z, Zhu X, Zhang Z, Sun S, Chen R.  Phylophenetic properties of metabolic pathway topologies as revealed by global analysis.  BMC Bioinformatics 2006;7:252. BioMed Central Highly Accessed

11.  Zhang Y, Zhang Z, Ling L, Shi B, Chen R. Conservation analysis of small RNA genes in Escherichia coli. Bioinformatics 2004, 20(5):599-603.