上海同济大学 生命科学与技术学院 翁志萍（讲座教授）导师简介

个人简介：

    翁志萍博士于1987年考入中国科技大学就读，1993年赴美国波士顿大学深造，与1997获得生物医学工程博士学位，2007年末至今担任马萨诸塞州大学医学院终身教授并生物信息系主任，建立并主持新的生物信息学项目。她能够在短时间内就能够在麻省医学院所建立这样一个活跃的研究团队以及她创立的出色的生物信息学及整合生物学项目，证明翁教授是一位有着非凡才能并且拥有出色的科学、教育及领导才能的科学家。

     翁志萍博士曾帮助DeLisi教授建立全新的生物信息研究项目（波士顿大学的Charles DeLisi教授是世界范围内基因组学与生物信息学的学科带头人，曾被美国前总统克林顿授予著名的公民奖章）， 这也是全世界最早的授予生物信息学博士学位的项目之一。翁志萍博士在2003年，她毕业六年以后，获聘终身副教授。她由博士毕业到成为终身副教授所花费的时间要远远少于平均值。当时，她也以32岁的年龄成为波士顿大学历史上最年轻的具有终身职称的教授之一。翁教授在很多领域，包括结构生物信息学，基因组学，表观基因组学及小sRNA，都做出了非常卓越的科研工作。她已经发表了超过100篇同行评议的论文。她已经获得了30多个科研奖励，为自己实验室筹集总共超过1200万美元的科研经费。目前有总共20余个研究生和博士后毕业于她的项目，大部分甚至已经在获得博士学位之前进入了生物技术工业领域。

研究领域（具体内容）：

1.基因组学和表观遗传组学

    翁志萍博士和研究团队为理解基因调控的遗传和表观遗传的机制开发了计算方法。他们还开发了新方法来发现基因组的DNA上的转录因子结合位点。并寻求多种方法，包括用概率模型和基因识别检测转录因子结合位点的集群，以一起调解并取启动子中序列模体的富集的优势。他们运用大量的高通量遗传和表观遗传的数据得到一个综合方法如转录因子的染色质免疫共沉、核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化和DNA复制。最新的工作包括了基因组学、表观遗传组学的个人化并使其应用于诊断和治疗肌肉萎缩性侧索硬化症、亨廷顿氏病、自闭症和精神分裂症。

2.起沉默作用的小RNA（Small silencing RNAs）

    翁博士及研究团队开发了算法用来研究生源论和起沉默作用的小RNA（microRNAs 或miRNAs、small silencing RNAs或siRNAs、PIWI-interacting RNAs或piRNAs）的调控机制。建立了计算管道来分析起沉默作用的小RNA析高通量测序数据。他们绘制了数百万的基因组读出序列，确定了它们的长度和和核苷酸性质、基因组定位、不同细胞类型和/或基因型的相对丰度、进化守恒，并发现一些其他可以揭示起沉默作用的小RNA的生物遗传和靶识别的特征。

3.蛋白质之间的相互联系

    翁博士和团队还开发了计算蛋白质分子之间的结合亲和度的方法。融合这个方法和快速傅立叶变换算法，开发出预测复杂蛋白质结构的计算方法。采用多级途径，例如，开发了在转译和旋转区域执行详尽搜寻的第一级算法ZDOCK，随后细化得到算法，如用于结构完善和重排序的ZRANK。他们参与了全社会范围蛋白质对接算法CAPRL的盲测。并把一组对接算法进行了注册，授权于Accelrys有限公司出售给商业用户，对于学术和政府用户是免费的。

专业业绩（承担项目、发表论文、教学成果）：

一、获得的重要奖项：

1. 美国国家科学基金会（NSF）：Professional Opportunities for Women (POWRE) Award

2. 美国国家科学基金会（NSF）：CAREER Award

二、国际学术组织兼职：

至今 美国国家科学基金会（NSF） 专家组成员

至今 美国国立卫生研究院（NIH） 专家组成员

至今 霍华德休斯医学研究所基金（HHMI fellowship ） 专家组成员

2005-2006 人类基因组计划（ENCODE）联合体转录调控分析组（the Transcriptional Regulation Analysis group, the ENCODE consortium） 联席主席Co-chair

2005-至今 BMC Bioinformatics 编委会成员（Editorial board member）

2007-至今 NCBI 科学顾问委员会成员（NCBI Board of Scientific Counselors）

2010 伍斯特理工学院数学科学院年度科学展览会 评审（the Mass Academy of Math & Sciences Annual Science Fair at Worcester Polytechnic Institute）

2010 Charles A. King 诚信博士后奖学金项目（Charles A. King Trust Postdoctoral Fellowship Program） 专业审稿人（Scientific Reviewer）

Theoretic Biology, Journal of Molecular Biology, Bioinformatics, Proteins, Protein Science, Journal of Immunology, Human Immunology, Genome Research, Nucleic Acids Research, BMC Bioinformatics, PLoS Biology, PLoS Genetics, PLoS Computational Biology, PNAS 14本期刊常务审稿人（Regular reviewer）

三、国际学术会议做的重要报告：

    在数十次国际会议上做过重要报告，发表书刊章节、应邀文章、国际会议论文和研究报告近20篇。在国际会议所作的重要报告和应邀学术交流报告，超过100次。

四、培养学生和指导博士后情况：

已毕业的博士研究生20名，已毕业的硕士研究生4名，指导过的已出站博士后3名，指导在职的博士后7名，还对若干访问学者进行过指导。并教授过11门课程。

五、代表论文：

● Hwang H, Vreven T, Whitfield TW, Wiehe K, Weng Z. (2011) A machine learning approach for the prediction of protein surface loop flexibility. Proteins. 2011 Aug;79(8):2467-74.

● Ameres SL, Hung J, Xu J, Weng Z+, Zamore PD.+ (2010) Target RNA-directed tailing and trimming purifies the sorting of endo-siRNAs between the two Drosophila Argonaute proteins. RNA 2010 (+Co-corresponding authors)

● Pierce BG, Haidar JN, Yu Y, and Weng Z. (2010) Combinations of Affinity-Enhancing Mutations in a T Cell Receptor Reveal Highly Nonadditive Effects within and between Complementarity Determining Regions and Chains. Biochemistry. 2010 Aug 24;49(33):7050-9.

● Ameres SL, Horwich MD, Hung J, Xu J, Ghildiyal M, Weng Z, Zamore PD. (2010) Target RNA-directed trimming and tailing of small silencing RNAs. Science. 2010 Jun 18;328(5985):1534-9.

● Landolin J*, Johnson D*, Trinklein N, Aldred S, Medina C, Shulha H, Weng Z+, Myers R+. (2010) Sequence features that drive human promoter function and tissue specificity. Joint First Authors; Genome Research 2010 Jul;20(7):890-8. Epub 2010 May 25. (+Co-corresponding authors)

● Cheung I*, Shulha H*, Jiang Y, Matevossian A, Wang J, Weng Z+, Akbarian S+. (2010) Developmental regulation and individual differences of neuronal H3K4me3 epigenomes in the prefrontal cortex. PNAS 2010 May 11;107(19):8824-9. Epub 2010 Apr 26. (*Joint First Authors; +Co-corresponding authors)

● Klattenhoff C, Xi H, Li C, Lee S, Xu J, Khurana JS, Zhang F, Schultz N, Koppetsch BS, Nowosielska A, Seitz H, Zamore PD+, Weng Z+, Theurkauf WE+.(2009) The Drosophila HP1 homolog Rhino is required for transposon silencing and piRNA production by dual-strand clusters. Cell, 2009 Sep 18;138(6):1137-49. (+Co-corresponding authors)

● Li C*, Vagin VV*, Lee S*, Xu J*, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z+, Zamore PD+. (2009) Collapse of germline piRNAs in the absence of Argonaute3 reveals somatic piRNAs in flies. Cell, 2009 May 1;137(3):509-21. (*Joint First Authors; +Co-corresponding authors)

● Yutao Fu, Manisha Sinha, Craig L. Peterson, and Zhiping Weng (2008) The Insulator binding protein CTCF positions 20 nucleosomes around its binding sites across the human genome . PLoS Genetics, 4(7)

● Peckham HE, Thurman RE, Fu Y, Stamatoyannopoulos JA, Noble WS, Struhl K, Weng Z(2007) Nucleosome Positioning Signals in Genomic DNA. Genome Research, 17, 1170-1177.

● Xi H., Shulha H.P., Lin J.M., Vales T.R., Fu Y., Bodine D.M., McKay R.D.J, Chenoweth J.G., Tesar P.J., Furey T.S., Ren B., Weng Z.+, Crawford G.E.+ (2007) Identification and characterization of cell type-specific and ubiquitous chromatin regulatory structures in the human genome. PLoS Genetics, 8, 8-20. (+Co-corresponding authors)

● The ENCODE Consortium (2007) Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature 447, 799-816. (Weng Z. was as a co-chair for the ENCODE Transcriptional Regulation analysis group and a co-corresponding author of this Nature article.)

● Trinklein ND*, Karaoz U*, Wu J*, Halees A*, Aldred SF, Collin PJ, Zheng D, Zhang ZD, Gerstein M, Snyder M, Myers RM+, Weng Z+ (2007) Integrated analysis of experimental datasets reveals many novel promoters in 1% of the human genome. Genome Research 17, 720-731. (*Authors contributed equally; +Co-corresponding authors)

● Xi H, Yu Y, Foley J, Halees A, Weng Z (2007) Analysis of Overrepresented Motifs in Human Core Promoters Reveals Dual Regulatory Roles of YY1.  Genome Research 17, 798-806.

● Mintseris J, Weng Z (2005) Structure, function, and evolution of transient and obligate protein-protein interactions. PNAS 102(31), 10930-10935.

● Frith, M. C., Fu, Y., Yu, L., Chen, J. F., Hansen, U. & Weng, Z. (2004) Detection of Functional DNA Motifs via Statistical Overrepresentation. Nucleic Acids Res. 2004 Feb 26; 32(4):1372-1381.

● Frith, M. C., Hansen, U., Spouge, J. L. & Weng, Z. (2004) Finding Functional Sequence Elements by Multiple Local Alignment. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(1):189-200.

● Mintseris, J. & Weng, Z. (2003) Atomic Contact Vectors in Protein-Protein Recognition. Proteins. 53:629-639.

● Martin C. Frith, John L. Spouge, Ulla Hansen, Zhiping Weng. (2002) Statistical significance of clusters of motifs represented by position specific scoring matrices in nucleotide sequences. Nucleic Acids Research 30(14):3214-24