上海同济大学 生命科学与技术学院 李程（客座教授）导师简介

姓        名：

 李程

学        位：

 博士

导师情况：

博士生导师

研究方向：

E-mail：

 lch3000@gmail.com

通讯地址：

上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）

 个人简介：

    1995年毕业于北京师范大学数学系，主修计算机专业，获学士学位。2001年毕业于加州大学洛杉矶分校，获统计专业博士学位。2001年起在哈佛公共卫生学院及Dana-Farber癌症研究所的生物统计与计算生物学系从事博士后研究，2002年起任助理教授，2008年起任副教授。研究组开发的dChip软件和相关数据分析方法被广泛应用于基因表达和SNP生物芯片的数据分析和展示，主要文章被引用1800余次。在Nature、Nature Genetics、Blood、PNAS、BMC Genomics等刊物发表论文60余篇。目前做为PI由美国国家卫生院R01项目研究资助。

代表文章(Selected Publications)：

1. Li C, and Wong WH. Model-based analysis of oligonucleotide arrays: Expression index computation and outlier detection, Proc. Natl. Acad. Sci. 2001; 98, 31-36
2. Lin M, Wei LJ, Sellers WR, Lieberfarb M, Wong WH*, and Li C*. dChipSNP: Significance curve and clustering of SNP-array-based loss-of-heterozygosity data. Bioinformatics 2004; 20: 1233-1240.
3. Zhao X, Li C, Paez JG, Chin K, Jänne PA, Chen TH, Girard L, Minna J, Christiani D, Leo C, Gray JW, Sellers WR, Meyerson M. An integrated view of copy number and allelic alterations in the cancer genome using single nucleotide polymorphism arrays. Cancer Research 2004; 64:3060-3071.
4. Lu T, Pan Y, Kao SY, Li C, Kohane I, Chan J, Yankner BA. Gene regulation and DNA damage in the ageing human brain. Nature 2004; 429:883–891.
5. Leykin I, Hao K, Cheng J, Meyer N, Pollak MR, Smith RJH, Wong WH, Rosenow C*, Li C*.  Comparative linkage analysis and visualization of high-density oligonucleotide SNP array data. BMC Genetics 2005; 6:7.
6. Garraway LA, Widlund HR, Rubin MA, Getz G, Berger AJ, Ramaswamy S, Beroukhim R, Milner DA, Granter SR, Du J, Lee C, Wagner SN, Li C, Golub TR, Rimm DL, Meyerson ML, Fisher DE, Sellers WR. Integrative genomic analyses identify MITF as a lineage survival oncogene amplified in malignant melanoma. Nature 2005. 436(7047):117-22.
7. Beroukhim R, Lin M, Park Y, Hao K, Zhao X, Garraway LA, Fox EA, Hochberg EP, Mellinghoff IK, Hofer MD, Descazeaud A, Rubin MA, Meyerson M, Wong WH, Sellers WR*, Li C*. Inferring Loss-of-Heterozygosity From Tumor-only Samples Using High-Density Oligonucleotide SNP Arrays. PLoS Computational Biology. 2006. 2(5): e41.
8. Johnson WE, Li C*, Rabinovic A. Adjusting batch effects in microarray expression data using Empirical Bayes methods. Biostatistics. 2007. 8(1):118-127.
9. Li C*, Beroukhim R, Weir BA, Winckler W, Garraway LA, Sellers WR, Meyerson M. Major copy proportion analysis of tumor samples using SNP arrays. BMC Bioinformatics. 2008. 9:204.
10. Li C. Automating dChip: toward reproducible sharing of microarray data analysis. BMC Bioinformatics. 2008. 9:231.
11. Li C, Kim SW, Rai D, Bolla AR, Adhvaryu S, Kinney MC, Robetorye RS, Aguiar RC. Copy number abnormalities, MYC activity and the genetic fingerprint of normal B-cells mechanistically define the microRNA profile of DLBCL. Blood. 2009. Published online.